k-dense-ai/claude-scientific-skills/skills/pathway-enrichment
对基因列表或排序基因数据做通路与基因集富集分析并解读结果。当用户有一组基因(来自 PyDESeq2/Scanpy 的差异表达基因、CRISPR 筛选命中、聚类标记基因、蛋白质组学命中)并想知道哪些生物通路、GO term 或基因集被过度代表或富集时使用。覆盖过表示分析(ORA/Enrichr/Fisher/超几何)、排序的 Gene Set Enrichment Analysis(GSEA/预排序)、单样本打分(ssGSEA/GSVA),以及经 gseapy、g:Profiler、Enrichr 库、MSigDB、GO、KEGG、Reactome、WikiPathways 的功能刻画——外加基因 ID 映射、选对背景全集、多重检验校正、冗余削减、点图/富集图与出版级表格。用于通路分析、富集分析、GO 富集、KEGG/Reactome 通路、GSEA、over-representation、功能注释或我的基因在哪些通路。