分子动力学模拟

用 OpenMM 与 MDAnalysis 运行并分析分子动力学模拟。搭建蛋白/小分子体系、定义力场、做能量最小化与生产 MD、分析轨迹（RMSD、RMSF、接触图、自由能面）。用于结构生物学、药物结合与生物物理。