基因组坐标转换

在坐标约定间转换基因组区间，规范化并比较变异表示，在它们破坏分析前检测组装或 contig 命名不匹配。用于坐标跨越格式/工具/组装边界时——BED、GFF/GTF、VCF、SAM/BAM、WIG、PSL、genePred、Picard interval_list 或区域字符串间转换；协调 0-基半开与 1-基闭区间；左对齐或修剪 indel；检查两条变异记录是否描述同一改动；基因组到转录本/CDS/蛋白位置映射；审计 BED/GTF/VCF 的约定违规；或诊断 GRCh37 vs hg19 vs GRCh38 vs T2T、chr 前缀与 liftover 问题。触发词：差一、0-基、1-基、半开、坐标系、左对齐、规范化变异、bcftools norm、chr 前缀、错误基因组构建、liftover、REF 不匹配、HGVS。"